já tens um tópico com este problema exposto :p
Como te disse, não me parece centralina... Para mim, começava por ver as coisas mais simples... problemas no motor de arranque, sensor de posição de cambota (nem sei se têm agora de repente - hoje tenho metade do cerebro afogada em tinto, está crítico), etc... velas não me parece também, mas não perdes nada em mandar testar as velas (ou se souberes fazer tu melhor, é simples, só tens de ver se elas aquecem mais ou menos com a mesma força)...
também podes ter algum tubo de combustível roto que esteja a entrar ar no sistema e que possa causar isso... vê se notas espuma ou bolhas de ar no circuito (à umas zonas que os tubos são transparentes consegues ver)...